Алексей Миранчук начал заниматься футболом в родном городе Славянск-на-Кубани в футбольной школе местного «Олимпа». Уже через пару лет вместе с братом Антоном Алексей перебрался в Москву, успешно пройдя просмотр в школе «Спартака». Правда, в стане красно-белых братья продержались недолго: их отчисление из команды аргументировали слабой физической подготовкой.
Почти сразу Алексея с братом пригласили в «Локомотив». Вскоре команда «железнодорожников» 1995-го года рождения трижды завоевала звание чемпионов России в своем возрасте, и дважды в финалах Алексей отмечался голом, а на Кубке РФС в октябре 2012 стал лучшим игроком турнира.
Осенью 2012-го с приходом в «молодежку» Сергея Полстянова костяк команды составили сразу несколько футболистов 1995-го года. В ноябре Алексей дебютировал в молодежном первенстве в матче против ЦСКА, а уже в феврале следующего года на втором предсезонном сборе по решению тренерского штаба перебрался из расположения «молодежки» в главную команду.
Дебют за «основу» произошел так же стремительно, как и переход от школьного футбола к молодежному: в стартовом составе «Локомотива» Алексей впервые появился 20 апреля 2013, в матче против краснодарской «Кубани».
СОКРАЩЕНИЯ В ТАБЛИЦЕ:И — игры (в стартовом составе), МИН — минуты, проведенные на поле, Г — голы (с пенальти), ГП — голевые передачи, ЖК — желтые карточки, КК — красные карточки, ВЗ — выход на замену, БЗ — был заменен.